申请坪山保税区入区退税流程：

1.保税区入区退税：货物从国内进到保税区视同出口，办理出口报关手续，货物进到保税区等于出口，所以进保税区就可以退税。（退税是指出口方当时采购原材料用于生产出口产品的时候，原材料供应商开给出口方的增值税发票，生产产品出口的时候这部分增值税可以退）
2.加工贸易企业“深加工结转”：两个加工贸易企业A和B，加工贸易企业A把原材料结转（销售）给加工贸易企业B用于生产产品。 按常规 ，A和B可以通过登陆企业电子口岸直接结转。而如果A企业在国内直接采购原材料的时候，原材料供应商开了增值税发票，如果通过直接深加工结转的方式交货给B公司，那么这部分增值税是不能退的。