“两步申报”模式大大降低了企业的通关成本。一方面通关速度更快，物流成本更低。原来办理业务过程中，常常会碰到载货船舶已抵港而全套商业单证尚未准备齐全的情况，无法办理报关手续。“两步申报”模式，允许企业在获得提单、船名等相关信息和单证后先进行概要申报，货物到港后如不涉及查验即可提离的做法，给企业生产经营带来极大便利。另一方面申报时间更充裕，申报更准确。“两步申报”提供的完整申报环节，让企业有更充足的时间去获取货物信息，可以更加准确地完成申报，企业漏报、错报等情形将会大大降低。
“两步申报”在给企业带来诸多便利的同时也对海关内部的管理流程产生了巨大影响，不仅改变了货物的通关验放模式，还将对风险防控、信用管理、综合治税等海关浩天传统管理理念、管理模式带来一系列改变，具有“牵一发而动全身”的作用。
黄埔海关将“两步申报”改革与海运口岸24小时智能通关改革相结合，形成政策叠加效应。保税区物流公司表示：“以前相当多的通关时间都耗在了集中准备申报资料上，现在货物不需要查验的话可以即到即提离，马上投入生产，又快又方便，各方面的成本都会有一个大幅的降低。”
海关总署综合司有关负责同志表示，“两步申报”将促进海关全面履职，打造国际先进的通关制度。通过“两步申报”可以整合优化提前申报、汇总纳税等通关便利措施，健全完善报关单修撤、税收强制等管理制度，进一步强化海关通关前、中、后不同监管环节的各自优势。实施“两步申报”的同时，继续保留“一次申报”模式，企业可自主选择。